Seit 1999 besteht ein Schwesterkirchverhältnis zur Kirchgemeinde „Zum Heiligen Kreuz“ in Leipzig Neustadt-Neuschönefeld.

Die Gemeinde St. Nikolai - St. Johannis ist aus den Gemeinden St. Nikolai und St. Johannis entstanden. Die Johanniskirche wurde im 2. Weltkrieg wie auch große Teile des Gemeindegebietes weitgehend zerstört. 1975 vereinigten sich die beiden Gemeinden nach mehreren Jahren eines Schwesterkirchverhältnisses. Vom 1. Januar 1999 an haben sich die Kirchgemeinden St. Nikolai - St. Johannis und Zum Heiligen Kreuz zu Schwesterkirchgemeinden verbunden. Stellenabbau einerseits und sinnvolle Zusammenarbeit andererseits haben diesen Schritt notwendig gemacht. Toleranz und unverkrampftes Aufeinander- zugehen bestimmen das Schwesterkirchverhältnis.